محمّد بغراخان گرديد . در حدود سال 1055 م ، بغراخان ، كاشغر را از ارسلان گرفت و در صدد برآمد تا مردم آن دو سرزمين را متّحد سازد . امّا رويدادهاى سياسى تا پايان سدهء پنجم هجرى قمرى / يازدهم ميلادى تقسيمات ديگرى را در بر داشت . در پايان اين سده ، سرزمينهاى بلاساغون ، ختن و كاشغر به دست بغراخان هارون ( وفات 495 / 1102 م ) وحدت يافت . در سدهء 5 ه . / 11 م ، كاشغر و سرزمينهاى اطراف آن به دست قراختائيان كه از سوى پكين سرازير شده بودند ، افتاد . تاريخنگاران اسلامى از اين مردم بىدين ، به نام قراختائيان ياد كرده‌اند . گورخان قراختايى ( حكومت 37 - 524 ق . / 42 - 1130 م ) پس از استوار ساختن پايگاههاى خود در ايسى گل و كاشغر ، به تدريج ماوراء النهر را به متصرّفات خود افزود . چنگيز خان در سال / 1219 م ، كاشغر را به قلمرو خود ملحق كرد و در واپسين حيات خود كاشغر و سرزمينهاى قديم قراختائيان را جزو اقطاع و تيول چغتاى ( مرگ / 1242 م ) دومين پسر خود قرار داد . امپراتورى صحرانوردان / 254 - 422 . اوكتاى قاآن ، جانشين چنگيز خان ختن و كاشغر را به مسعود بك پسر محمود يلواچ سپرد . محمود يلواچ و مسعود يلواچ ويرانيهاى مغولان را ترميم كردند . اين دو تن از جمله نخستين ديوانيان سرزمينهاى آسياى مركزى بودند كه در زمان مغولان به مقامات بالايى رسيدند . تاريخ بناكتى / 290 ؛ تركستان نامه ، ج 2 / 959 - 984 . ماركوپولو ، در 1275 م ، از كاشغر ديدار كرد . او مىگويد كه مردم كاشغر مسلمانند و از راه تجارت و هنر زندگى مىكنند و در اين نواحى مسيحيان نستورى نيز مىزيستند و زبان ويژه‌اى داشتند . سفرنامهء ماركوپولو / 60 . پس از چغتائيان ، كاشغر به دست امراى سلسلهء دوغلات افتاد و آخرين امير اين سلسله ، ابو بكر ميرزا تا 920 ه . ق / 1514 م ، بر آن سرزمين فرمانروايى داشت . در سدهء 17 م ، خواجگان در كاشغر حكومت مىكردند ، امّا در اثر درگيريهاى درون طايفه‌اى خواجگان ، كاشغر و سرزمينهاى مجاور آن در 1795 م ، تحت سيطرهء چينيها در آمد . امپراتورى صحرانوردان / 810 - 822 . اين شهر را امروز سين كيانگ مىگويند .